所谓“搔菌”就是手工用搔菌机（或手工）去除老菌种块和菌皮，这是促使菌丝发生原基的重要措施，通过搔菌可使子实体从培养基表面整齐发生。
食用菌袋从接种到长满，不同品种有差异，发菌期需30--40天。在发菌过程中，由于菌丝生长造成呼吸热使水分蒸发，上层菌丝老化，甚至形成菌皮菌膜，阻碍空气相对湿度与内部菌丝接触，对新鲜空气接触不畅，延长出菇时间，即使出菇也不整齐。搔菌后，新生菌丝生命力旺盛 ，接触新鲜空气、空间相对湿度，从而达到菇齐苗壮。
对于覆土栽培来说，搔菌的目的还为了保证覆土的疏松结构，造成许多易于结菇的小气候，这些小气候是保证结菇的多寡也就决定了蘑菇高产与否的关键。他的好处是出菇较齐，易于管理。