2.1蘑菇工厂化种植流程
一次料→二次料→三次料（发菌）→覆土→催蕾→出菇。
2.2一次发酵流程
如下：配方→准备原材料→预湿→加辅料→抛料→进仓→转仓→出料。
1、在做料之前，实验室预先对各类原材料进行取样，测出其的含氮量、灰分以及水分。
2、先根据菇房种植面积计算出所需要的填料重量，再根据配方公式计算出实际所需要的麦草、鸡粪、石膏和辅料（豆粕或酒糟等）重量。
3、预湿：用装载车将所需麦草推入水池中，然后装载车将麦草和水一起铲起，在高空抛落，重复操作，让麦草与水充分混合一直到麦草完全预湿，看不见干料。
4、在大约2个小时的翻料搅拌之后，视麦草含水情况让料在池子里浸泡1-2小时。之后用装载机将麦草捞起建堆。
5、加辅料：第二天，草堆将开始起温到45℃以上（一般可到达50-70℃左右）。根据配方，将鸡粪，石膏以及辅料均匀撒到料面上。再用装载机开始翻料，将料铲起，从高空抖落，使麦草和鸡粪、辅料充分混合，直至看不到明显的粪块。
6、抛料：用抛料机将料在抛在场地上，使其更加均匀。如料太干，期间可以用铲车或水管补水。
7、进仓：混合完成之后，视其温度以及含水量决定，可在当天或者次日早上将料抛入一次隧道，在这个时候根据实验室结果来决定要不要加水，含水量维持在70-78%。
8、堆入一次发酵隧道之前，注意要保持隧道的清洁。
9、进料结束后，温度探头要插入料堆深1米左右。
10、之后操作人员设置和观察料温和料的情况，及时调整风机频率和起停时间。
11、进一仓后停留三天后一转，停留两天后二转，两天之后三转，停留两天之后将料在场地上建堆，然后第二天进入二次发酵隧道。至此，一次发酵完成，预湿2-3天，一次发酵大约耗时14天。整个预湿和一次发酵过程中都尽一切可能避免厌氧。尽可能让料维持高温（75℃以上），满足完成一次发酵过程堆料的选择性，消耗掉杂菌生长所需简单的营养成分，留下复杂的营养成分供蘑菇菌丝生长。
2.3二次发酵流程
1、进隧道前校正探头，检查隧道各项设备运行是否正常，通风口是否通畅。装载车和抛料机进行抛料操作之前一定要清洁。
2、当料进入3分之1时，及时打开风机让料不会出现厌氧。
3、进仓完成后，判断料堆的长度，根据长度判断探头插入的位置，第一个探头要插入离门口料堆2米的位置，第二个探头要插入离后墙1.5米的位置，第三和第四个探头要通过计算料堆长度插入。
4、 插探头时，要注意探头线不能过于紧，在把料面整个踩一圈，探头插入料堆深40CM，把探头周围用脚踩一圈，保证料温探头不受空气影响。。
5、关门后要在隧道门口和空隙处喷洒杀虫剂，喷药的高度要高于料堆1米。
6、二次发酵分六个阶段：①平衡期②升温期③巴氏消毒期④降温期⑤平衡期⑥出料。
经过二次发酵隧道之后的培养料质量数据应该是：水分65-68%，PH值7.2-7.5，氨气≤5ppm，含氮量在2%左右。
2.4上料
1、上料机、传送带、装载车、运输车全都要清洗干净，不留一点旧料。二次隧道门口和菇房门口要一直洒水，确保地面湿润，不会扬尘。
2、上料过程中掉在地上的培养料不可以回收再用，但凡接触地面，只能丢弃，防止有害杂菌进入菇房。洒落在地面的料和二次发酵多余的料可以在预湿过程中拌入到新料。
2.5发菌
14天的菌丝生长时间。发菌时在床面盖一层薄膜，薄膜上喷药。菌丝生长期间，料温维持在24-26℃，菇房相对湿度应维持在高位90%左右。
2.6覆土
拌土的时候用草炭土添加杀虫剂、杀菌剂、石灰和水进行搅拌，拌土后含水量不宜过高，有利于让土形成结构，以及方便覆土时操作，ph不宜超过9（堆放之后会逐渐下降）。覆土时ph应在7.3-8.5左右。培养料上架13天之后，菌丝生长完成，即可掀膜，加大内循环风量，使料表积水消失，第二天进行覆土作业，覆土厚度应在4-4.5cm。
覆土之后，料温继续维持在25-26℃，相对湿度继续维持在高位。当覆土之后菌丝长至土层60-70%左右时，可以采取搔菌作业。
2.7催蕾
当菌丝恢复生长之后，土表有较多绒毛状菌丝时，可以进行催蕾。将料温每天平均地从当时的温度降至20℃附近，将CO2每天平均地从当时含量降至1000ppm附近。使绒毛状菌丝逐渐扭结成片状菌丝，让菌丝从营养生长转向生殖生长。当原基长大至黄豆大小左右，可以打水。之后可以降低空气中的相对湿度（83-85%），维持地表干燥。使产生蒸腾作用，让蘑菇从料里吸水，吸收溶于水中的养分，促进生长。
2.8出菇
通常菇潮在6-7天左右，一潮可采收4-5天。每潮采菇后期注意清床，遗漏床面已成熟的菇会延迟后面菇潮的发育。一般，第一潮菇占总量的40-50%,第二潮菇占总量的30-40%，第三潮菇占总量的10-15%
期间尽可能将CO2维持在1000-1500ppm左右，空气相对湿度维持在83-85%左右，料温维持在20℃左右，气温维持在18℃左右。为了持续维持出菇期间的蒸腾作用，每次采菇之后，可以不必清洗地面（水冲洗之后，房间内相对湿度会提高，影响蘑菇生长），只需将土和废料推至菇床底下。
2.9蒸房
蒸汽，70℃，8小时。
总的从制作培养料到下料需要预湿2-3天，一次发酵14天，二次发酵7天，三次发酵（发菌）14天，覆土催蕾出菇清房42-50天。